El objetivo general del Programa de doctorado es formar recursos humanos con la capacidad de generar conocimiento que contribuya a la atención de problemas complejos y multidimensionales contemporáneos. Un aspecto fundamental para alcanzar este objetivo es fortalecer los vínculos de la universidad con los sectores sociales y productivos, públicos y privados, que convergen en el interés de generar un desarrollo social y económico más equilibrado en todos los ámbitos, incluyendo el ambiental.

En coherencia con ello, la Facultad de Filosofía ha establecido convenios de colaboración con organismos públicos como, por ejemplo, el Servicios de Salud del Estado de Querétaro, el Gobierno del Estado de Querétaro y el Instituto Nacional de Antropología e Historia para desarrollar actividades que permitan la actualización de sus recursos humanos, la divulgación e investigación conjunta y la elaboración de proyectos de intervención social que impacten positivamente en el desarrollo de la región y del Estado. En este contexto, la planta académica del programa ha acumulado experiencia en el campo de la vinculación social mediante proyectos de investigación que sientan las bases para una mayor articulación de la Universidad con diversos actores de la sociedad. 

Así mismo, la Universidad cuenta con mecanismos instituidos que incentiva la vinculación mediante el Fondo para el fortalecimiento de la investigación (FOFIUAQ) y el Fondo para el fortalecimiento de la vinculación (FOVIN), los cuales buscan impulsar la investigación y consolidar la articulación social, artística cultural y tecnológica de la Universidad con el entorno local, regional y nacional. Tales mecanismos constituyen una plataforma importante para el impulso de futuros proyectos de vinculación, pues es política del Doctorado impulsar la inscripción de profesores y de estudiantes a las convocatorias de financiamiento a proyectos de investigación que contribuyan el desarrollo regional, pero también el promover actividades de educación continua o de consultoría con dependencias gubernamentales o de la sociedad civil para desarrollar actividades de diagnóstico y de a atención problemas sociales que exigen una mirada multidimensional e interdisciplinaria.