La MEAEB tiene una orientación en investigación con dos líneas de generación y aplicación de conocimiento:
Proyectos comunitarios para el fomento de la diversidad lingüística. Diagnóstico y desarrollo de investigaciones que fomenten la diversidad lingüística y cultural y el uso de las lenguas originarias -propiciando la coparticipación en las propuestas- en torno a tradiciones orales, géneros discursivos, literaturas y narrativas.
Proyectos educativos en contextos multilingües. Diseño y desarrollo de investigaciones educativas –desde la horizontalidad, pertinencia y participación–, en los que se consideren las lenguas y las culturas en su dinamismo, con el fin de contribuir al fortalecimiento de espacios escolares y extraescolares en contextos multilingües.