Raíz es crecer. Se ubica en el corazón del Centro Histórico de Querétaro. Cuenta con un edificio de gran valor patrimonial de estilo barroco que se yuxtapone con la arquitectura contemporánea materializada en su nuevo edificio de posgrado, el Centro de Investigaciones Interdisciplinarias, donde se ubica el Restaurante-escuela y la Librería del Fondo de Cultura Económica.
Alberga las licenciaturas en:

• Antropología
• Desarrollo Humano para la Sustentabilidad
• Filosofía
• Historia
• Humanidades y Producción de Imágenes.
  
  Posgrados:
• Maestría en Estudios Amerindios y Educación Bilingüe
• Maestría en Estudios Antropológicos en Sociedades Contemporáneas
• Maestría en Estudios Históricos
• Maestría en Filosofía Contemporánea Aplicada
• Especialidad en Ética de las Investigaciones
• Doctorado en Estudios Interdisciplinarios sobre Pensamiento, Cultura y Sociedad.
  
  Dirección: Av. 16 de septiembre #57, Centro Histórico, Santiago de Querétaro, Qro.
  

Este campus se ubica en las instalaciones del antiguo aeropuerto de la ciudad de Querétaro. Es un espacio en constante crecimiento y apertura a nuevas áreas de diferentes partes de la Universidad Autónoma de Querétaro. Nuestros programas conviven con áreas del conocimiento y del saber disciplinario. Sede de la Licenciatura en Gastronomía.

Dirección: Carretera a Chichimequillas S/N, Ejido Bolaños, Santiago de Querétaro, Qro.

Arraigar y macerar. Este campus se ubica en el municipio de Tequisquiapan, localizado en el Semidesierto Queretano, donde las actividades agrícolas y turísticas encuentran convergencia. Es la nueva aventura para el crecimiento de nuestra Facultad más allá de la ciudad. Es la sede del Técnico Superior Universitario en Manejo de Alimentos y Cultura del Vino.

Dirección: Carretera a San Juan del Río-Tequisquiapan 225, El Vergel. Tequisquiapan, Qro.