El área de posgrado depende de la jefatura de investigación y posgrado de la Facultad de filosofía. Los programas de posgrado de la Facultad gozan en este momento de un alto prestigio. Los cinco programas –Maestría en Estudios Históricos, Maestría en Estudios Antropológicos en Sociedades Contemporáneas, Maestría en Estudios Amerindios y Educación Bilingüe, Maestría en Filosofía Contemporánea Aplicada y el Doctorado en Estudios Interdisciplinarios en Pensamiento, Cultura y Sociedad- están reconocidos por el Programa Nacional de Posgrados de Calidad y muestran a la fecha índices positivos. Gracias al programa de becas de CONACyT, así como al financiamiento interno, se ha logrado un desempeño positivo de la eficiencia terminal.
La proyección alcanzada por la facultad en la oferta de programas de posgrado de calidad nos obliga no solo a fortalecer los programas que ya tenemos, sino que debemos considerar la posibilidad de diseñar otros programas que amplíen esa oferta y que atiendan las otras LGAC que fomentan nuestros programas de licenciatura. Por ello se propone que en los próximos 5 años se abra un nuevo programa de posgrado (especialidad, maestría o doctorado).
En el ámbito de la investigación que sostiene los programas de posgrado, el CII representa el esfuerzo de un grupo de trabajo interinstitucional que convoca a investigadores de diversas instituciones y que tiende puentes de colaboración con diversos organismos públicos y privados. Así los laboratorios de investigación del centro (laboratorio de educación y mediación intercultural, laboratorio de producción e investigación visual, laboratorio de estudios interdisciplinarios de problemas multidimensionales) en conjunto con los cinco Cuerpos Académicos que existen en la facultad, promoverán el trabajo colaborativo que se reflejará en una alta productividad
y eficiencia.