La Facultad de Filosofía ofrece seis programas de posgrado, cinco de los cuales están registrados en el Programa Nacional de Posgrados de Calidad de CONACYT y uno con modalidad a distancia.

 Especialidad en Ética de las Investigaciones

La Especialidad en Ética de las Investigaciones es un programa educativo con orientación profesionalizante que  otorga competencias profesionales, metodológicas, de formación para la capacitación de los investigadores y de equipo de trabajo, de evaluación y fortalecimiento de la pertinencia social, a partir de la congruencia, fundamentación y justificación de los proyectos de investigación, la competencia en el uso de herramientas que brindan las diferentes perspectivas éticas y bioéticas,  y con ello, en el respeto por la autonomía en la participación individual, comunitaria, de subrogación o sustitución responsable de voluntad en personas humanas, animales no humanos y comunidades que así lo requieren, bajo los principios éticos de beneficencia, no maleficencia, justicia y autonomía.

  Maestría en Estudios Históricos

Es un programa educativo que busca formar investigadores en el campo de los estudios históricos, especializados en los procesos económicos, políticos, sociales y culturales del acontecer humano, capaces de generar nuevos conocimientos e interpretaciones propios de la disciplina de la Historia.

 Maestría en Filosofía Contemporánea Aplicada

Es un programa de nueva creación con orientación profesional que tiene como principal objetivo la generación de profesores competentes con conocimientos sólidos de un campo temático de la filosofía contemporánea y capacidad de aplicarlos en la docencia, la difusión, la comunicación, la asesoría, y la planeación educativa de la filosofía.

Maestría en Estudios Antropológicos en Sociedades Contemporáneas

Es un programa educativo con orientación profesionalizante que busca la integración de un enfoque antropológico, en articulación con la disciplina de origen y la experiencia laboral de los estudiantes, que permita a los egresados desarrollarse como profesionistas comprometidos con los procesos sociales.

 Maestría en Estudios Amerindios y Educación Bilingüe

La educación bilingüe y la literatura de las lenguas amerindias conforman un campo especializado que abarca la investigación sobre el bilingüismo y el multilingüismo, la docencia bilingüe, el desarrollo lingüístico y educativo, la planificación y revitalización lingüística y el reconocimiento de las culturas amerindias. Por lo que la Maestría en Estudios Amerindios y Educación Bilingüe (MEAEB) pondrá especial atención en los programas de educación escolar y desarrollo lingüístico de las poblaciones indígenas; la revitalización de la literatura en lenguas originarias y los procesos educativos propios de situaciones de bilingüismo.

 Doctorado en Estudios Interdisciplinarios sobre Pensamiento, Cultura y Sociedad 

La creación del PE asume plenamente uno de los principios fundamentales de la educación superior que es la formación de recursos humanos de alto nivel desde un enfoque humanista y social capaces de generar conocimientos que incidan en la resolución de problemas multidimensionales propios de las sociedades actuales.

El programa está soportado en un grupo docente que cuenta con las mejores habilitaciones, experiencia y trayectoria en actividades de docencia, investigación y difusión de los saberes humanísticos y sociales; la mayoría ofrecen servicios profesionales de asesoría y/o participación en proyectos multidisciplinarios.