El programa de la MFCA está estructurado por tres ejes: Disciplinario, Interdisciplinario y Profesionalizante. El primero, disciplinario, tiene como propósito formar al estudiante en  un campo temático dentro de una disciplina filosófica contemporánea. El propósito del segundo eje, interdisciplinario, consiste en complementar la formación académica del estudiante permitiendo que opte por cursar un par de materias que vinculen a la filosofía con alguna otra disciplina científica o humanista o con alguna problemática particular que admita un estudio y tratamiento filosófico. Con el eje profesionalizante, por último, se propone habilitar al estudiante en el ejercicio profesional competente.

Asimismo se ha usado en el diseño de este programa el sistema de créditos, asignando un determinado número de créditos tanto a las asignaturas que lo conforman como a las actividades extra aula, como es el coloquio de titulación. A la estancia profesional del eje profesionalizante se le ha asignado 7 créditos globales por semestre   por

320 horas, sumando 14 créditos en total en un año académico. Con respecto a las asignaturas se les han asignado 6 créditos, considerando semestres de 16 semanas de duración, tres horas de clase a la semana y que cada hora de clase demanda al estudiante, al menos, una hora de trabajo en biblioteca o de práctica (los profesores evaluarán el trabajo extra aula del estudiante por mecanismos como son informes de lectura, exámenes orales y la integración y manejo de la bibliografía el curso en los ensayos parciales y finales de curso). Asimismo se asignan aproximadamente 20% de créditos a la terminación del trabajo de titulación, una vez que éste sea aprobado por el director del mismo y dos lectores que fungirán como sinodales propietarios del examen de recepción de grado.